La estructura de CIFCA esta integrada por una Asamblea General, un Secretariado Ejecutivo con sede en Bruselas, un Consejo de Administración, un/a Presidente/a y los diferentes Grupos de Trabajo.

El máximo poder de la asociación recae en la Asamblea General (AG). Todos los socios son parte de la AG y cada uno dispone de un voto. La Asamblea elegirá igualmente un presidente que convocará el Consejo de Administración y coordinará con el Secretariado las acciones pertinentes. Las orientaciones políticas y estratégicas vienen definidas por la AG. La AG puede constituir Grupos de Trabajo, en función de las áreas y objetivos específicos definidos por la misma, al menos uno de los miembros de estos Grupos de Trabajo será también miembro del Grupo de Trabajo.

El Secretariado es responsable de la coordinación del trabajo de lobby y de la animación interna de la red. De esta manera se garantiza un trabajo en base objetivos y estrategias establecidas por la AG y un plan de trabajo anual, que señala tanto las actividades por desarrollar como las tareas a cumplir por los miembros y el Secretariado.

El Consejo de Administración (CdA) está integrado por al menos tres consejeros, elegidos por la Asamblea General, elabora el plan estratégico y el plan de trabajo de la Asociación, alimentado por los planes aprobados por los grupos de trabajo. CIFCA es dirigida y apoyada por el CdA que, a su vez, guía al Secretariado. Tiene la responsabilidad política de garantizar la coherencia de las acciones emprendidas por CIFCA. Y, consiguientemente, su principal objetivo es monitorear el trabajo de la red.